Malindi è stata un insediamento Swahili dal 14 ° secolo. Una volta paragonabile solo a Mombasa per il predominio in questa parte dell’Africa orientale, Malindi è sempre stata una città portuale di potenze straniere. Nel 1414, la città è stata visitata dalla flotta dell’esploratore cinese Zheng He. L’esploratore a Malindi ha inviato un inviato personale con una giraffa come regalo dalla Cina su quella flotta.
L’esploratore portoghese Vasco da Gama ha incontrato le autorità Malindi nel 1498 per firmare un accordo commerciale e di assumere una guida per il viaggio in India, quando eresse un pilastro di corallo. Il pilastro si trova ancora oggi giorno, anche se ci sono state chiamate da ambientalisti per prendersi cura di esso, dal momento che l’erosione del suolo potrebbe far cadere pilastro nell’oceano. Si tratta di un’attrazione turistica piuttosto popolare per i turisti locali e internazionali. Nel 1499 il portoghese ha istituito un posto di scambio a Malindi che è servito come una sosta di riposo sulla strada da e per l’India. La chiesa risale questa epoca.
Molti edifici tradizionali sopravvivono, tra cui la Moschea Juma e il palazzo sulla spiaggia, un tratto popolare con i turisti.